Při přirozeném oplodnění se výběr nejlepší spermie odehrává spontánně – obal vajíčka je bariérou, která je pro spermii prubířským kamenem. Při metodě ICSI však tuto přirozenou překážku obcházíme, a proto se snažíme výběr té nejlepší spermie nahradit výběrem v laboratoři.
Pro nalezení co nejlepší spermie se při této metodě využívá speciální mikroskop, který dokáže obraz spermie zvětšit až 6000x. Embryolog vyhledává spermie, které jsou podle stavby zdravé – mají dlouhý bičík, v hlavičce se nenacházejí viditelné defekty a spolu s krčkem je správně tvarovaná.
Metoda se používá v případě, že se v minulosti u muže objevily spermie abnormálního tvaru, u párů, u kterých se opakovaně nezdařila metoda ICSI, nebo došlo k nevysvětlitelným potratům.
Embryolog provede vyšetření spermií pod mikroskopem a vybere ty nejvhodnější. Ty se použijí k oplození vajíčka nebo se zamrazí pro budoucí použití.